Natalie John ist seit 2023 wissenschaftliche Mitarbeiterin im Projekt „AuftAkt“, das von der Stiftung Innovation in der Hochschullehre (StIL) gefördert wird. Dort ist sie u. a. zuständig für die Aktualisierung der wissenschaftlichen und praxisorientierten Inhalte des Portals „e-teaching.org“ sowie für die konzeptionelle und strukturelle Weiterentwicklung der Plattform.

Seit 2018 arbeitet sie am IWM, wo sie zunächst als wissenschaftliche Hilfskraft und seit 2020 als Mitarbeiterin bei „e-teaching.org“ u. a. für die redaktionelle Pflege des Blogs sowie der Social-Media-Kanäle verantwortlich war.